Au début d'octobre, un nombre important (mais contesté par le Gouvernement tchadien) de militaires tchadiens a déserté et rejoint l'opposition avec son équipement.
Ces facteurs ont contribué à l'apparition de nouvelles alliances entre les groupes armés opérant dans la région, qui sans cesse fluctuent, et qui ne sont plus forcément fonction des appartenances ethniques.
C'est à Baghlan que le dispositif de défense du Front uni était le moins solide, les dirigeants du Front ayant escompté un changement de camp de la part du commandant en chef de la province, Bashir Baghlani.